细胞器基因组分析相关脚本添加新的功能get_seq，该脚本由C编写，可以快速根据细胞器基因组的gb文件提取注释序列。我觉得这是一个比较实用的功能，当我们做进化分析时，批量下载gb文件，然后使用get_seq批量获取cds和pep序列，拒绝点点点 :)
使用说明
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get_seq
get_seq can be used to quickly extract annotated sequences from genbank files of mitochondrial genomes such as faa, cds, pep, trn, rrn.
Run
get_seq --helpto show the program’s usage guide.1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
Usage:./get_seq -g <genbank_file> -a Required options: -g, --genbank Intput genbank file Optional options: -pre, --prefix Prefix of the output -a, --all Flag to output all annotations -f, --faa Flag to output fasta -p, --pep Flag to output pep -c, --cds Flag to output cds -t, --trn Flag to output trn -r, --rrn Flag to output rrn -o, --output The output path -h, --help Display this help message
输出结果
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$ ./get_seq -g PPtest.gb -a -o ./
[2024-06-16 22:08:45] INFO: The genbank file: PPtest.gb
[2024-06-16 22:08:45] INFO: The prefix: PPtest
[2024-06-16 22:08:45] INFO: The output path: ./
[2024-06-16 22:08:45] INFO: CDS sequences saved to ./PPtest.cds
[2024-06-16 22:08:45] INFO: rRNA sequences saved to ./PPtest.rrn
[2024-06-16 22:08:45] INFO: tRNA sequences saved to ./PPtest.trn
[2024-06-16 22:08:45] INFO: Pep sequences saved to ./PPtest.pep
[2024-06-16 22:08:45] INFO: Faa sequences saved to ./PPtest.faa
直接下载编译后的文件get_seq就可以使用，如果有其他想要实现的功能，可以在mitotools告诉我们。
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