云伴风行

「学会珍惜，懂得感恩，干干净净，简简单单」

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「zlib」GCC编译错误-zlib

我抓不住时间，但我一直在追赶他

编译时找不到zlib.h： 1 2 3 4 misc.c:33:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory 33 | #include <zlib.h> // gzFile, gzgets, gzopen, gzclose | ^~~~~~~~ compilation termin...

Posted by 云伴风行 on December 17, 2024

「eggnog」使用本地版eggnog注释基因功能

我抓不住时间，但我一直在追赶他

紧急情况，eggnog网页版暂时无法使用，只能使用本地版了，附上hmm方法的教程最新版参考教程：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.5-to-v2.1.12 创建虚拟环境 1 2 3 conda create -n eggnog_env -c conda-forge python=3...

Posted by 云伴风行 on June 28, 2024

「mitotools」从细胞器genbank文件中快速提取序列

Fast sequence extraction from organelle genbank files

细胞器基因组分析相关脚本添加新的功能get_seq，该脚本由C编写，可以快速根据细胞器基因组的gb文件提取注释序列。我觉得这是一个比较实用的功能，当我们做进化分析时，批量下载gb文件，然后使用get_seq批量获取cds和pep序列，拒绝点点点 :) 使用说明 get_seq get_seq can be used to quickly extract anno...

Posted by 云伴风行 on June 16, 2024

「PMAT」植物线粒体图形化基因组组装工具

An efficient assembly toolkit for plant mitochondrial genome

PMAT是一款基于三代测序数据（HiFi/CLR/ONT）的植物线粒体图形化基因组组装工具包。除了植物线粒体基因组，PMAT还适用于叶绿体图形化基因组的组装。目前，PMAT仅支持在Linux系统上运行，源码已公布在Github。大家在使用过程中遇到问题，可以添加文章底部的开发者微信或关注微信公众号：有趣儿的生信。使用说明安装依赖环境 ...

Posted by 云伴风行 on January 18, 2024

「GS」基于BGLR实现GBLUP和rrBLUP

使用R包BGLR构建GBLUP和rrBLUP模型

本文使用 BGLR 实现GBLUP与rrBLUP模型的应用本文使用R版本：R version 4.3.1 BGLR是一款功能丰富的全基因组选择工具包，实现大量贝叶斯回归模型。主要参数： y：表型向量（可以是”gaussian”和”ordinal”, 用response type指定），可以有缺失值 ETA: 线性预测器，默认包括截距项，其他需要用户指定 nIt...

Posted by 云伴风行 on December 26, 2023

「G矩阵」亲缘关系矩阵-方法篇

最近使用sommer计算G矩阵提示超过了默认的32位整数报错：Error: Mat::init(): requested size is too large; suggest to enable ARMA_64BIT_WORD，下面一起看看G矩阵构建和该错误的解决方法。 G矩阵是怎么来的，这里主要参考Vanraden的计算方法，其中$Z$为标记的设计矩阵，$p_i$为每个标记的次等位基因频...

Posted by 云伴风行 on December 16, 2023

「PMAT」线粒体基因组组装工具包

An efficient assembly toolkit for plant mitochondrial genome

目前已经开发出很多软件应用在植物线粒体基因组的组装，大部分都是针对二代测序数据和三代测序数据ONT及CLR进行组装。受限于二代数据的长度及ONT和CLR测序数据的准确性，对复杂的植物线粒体基因组组装效果并不理想。PMAT可以对WGS的三代测序数据ONT、CLR及HiFi进行组装，并且自动选择线粒体基因组中的序列。该软件目前只能在linux系统运行，github地址。 PMAT 安装通过...

Posted by 云伴风行 on November 23, 2023